N.R.P.S.

Résumé

Implémentation d’un outil d’étude de la synthèse des lipopeptides par voie non ribosomale.

Description

La plupart des peptides sont synthétisés par les ribosomes . Il existe cependant un autre mécanisme de biosynthèse rencontré uniquement chez les micro-organismes, appelé mécanisme non-ribosomal ou de "thiotemplate" et qui est à l'origine de la synthèse de différents antibiotiques. Ce mécanisme est basé sur des enzymes de grandes tailles appelées synthétases et organisées en modules. Chaque module est capable d'activer un acide aminé , d'éventuellement le modifier et de le transférer ensuite sur l'acide aminé activé dans le module adjacent pour constituer un peptide.

L'étude de ce mécanisme prend aujourd'hui un essor important suite au développement de la génomique . L'analyse des génomes séquencés révèle en effet un potentiel important de gènes codant pour des synthétases dont le produit final n'a pas encore été identifié.

L'objectif de ce projet était d'améliorer et de rajouter des fonctionnalités à un outil existant qui permet d'étudier rapidement ce mécanisme.

Cadre

Ce projet a été proposé et encadré dans le cadre d'un TER de DESS BioInformatique par Philippe JACQUES pour le Laboratoire des Bioprocédés Microbiens de Lille. Ce projet est une reprise d'un projet déjà existant. Réalisation en binôme avec Emmanuel MICHELLON . (Janvier 2004 - avril 2004).

Technologies

Langage : JAVA
Environnement : JBuilder

Ressources