ASCQ-Prot

ASCQ-Prot : Un logiciel libre pour l'identification de proteines grâce aux données de la spectrométrie de masse.

La spéctrométrie de masse permet d'identifier une protéine et ses modifications en mesurant la masse des peptides (fragments proteiques) issus d'une digestion enzymatique. Les résultats sont stockés dans des bases de données analysables par des programmes spécifiques. Or, le constat est le suivant : pour une même analyse, les mêmes paramètres et la même base de donnée les résultats obtenus sont très différents suivant le moteur de recherche utilisé. Il est très difficile de dépasser cette constatation car les indications données sur les algorithmes utilisés par les différents moteurs ne permettent pas de connaître précisément l'algorithme utilisé et encore moins les limitations imposées pour accélérer l'interrogation. Contrairement à d'autres domaines analytiques, peu de logiciels dont les codes sont disponibles existent en spectrométrie de masse.

Ces raisons ont entrainé le développement d'un logiciel d'analyse protéomique par empreinte peptidique avec les objectifs suivants :

• Rendre ce logiciel disponible dans le cadre de la licence Open Software Fundation ce qui implique la distribution du code source;
• Développer un logiciel qui ne fonctionne pas à travers une interface WEB mais utilise en paramètres, en entrée et en sortie des fichiers textes pour permettre une plus grande flexibilité;
• Développer un algorithme utilisable sans limitation de la profondeur des interrogations en particulier pour les modifications post-traductionnelles et appelable de manière récursive pour l'identification de protéines minoritaires;
• Développer un logiciel qui optimise la réponse sur des critères correspondants à ceux utilisés par un opérateur averti plutôt que sur une base statistique.

ASCQ-Prot a fait l'objet d'un abstract et d'un poster lors des 20émes Journées Françaises de Spectrométrie de Masses et d'Analyse Proteomique (les 16-19 septembre 2003).

Ce projet avait été proposé et encadré dans le cadre d'un TER de Maîtrise Informatique par Christian ROLANDO pour le Plateau de Protéomique de la Génopole de Lille (UMR CNRS 8009 de Chimie Organique et Macromoléculaire). Un contrat à durée déterminée de trois mois avait ensuite suivi. Réalisation en binôme avec David BOENS.

Langage : C (ASCQ-Prot core), JAVA (ASCQ-Prot GUI)
Environnement : Microsoft Visual, JBuilder

(06/2004) Présentation lors d'une journée à l'INRIA du Rhône-Alpes Génopôle
(01/2004) Exemple de résultat
(09/2003) Poster 20éme Journées Francaises de Spectrometrie de Masse
(06/2003) Rapport Maîtrise Informatique
(06/2003) Présentation Maîtrise Informatique
(06/2003) Plaquette du projet