Spot Manager

Spot Manager : un nouvel outil d'aide à la gestion des spots identifiés par spectrométrie de masse.

L' électrophorèse bidimensionnelle sur gel permet de séparer des protéines contenues dans les extraits cellulaires. Elle est pour le moment la seule méthode fiable pour étudier l'abondance et les modifications post-traductionnelles de plusieurs centaines de protéines en parallèle. Récemment, la résolution et la productivité du système de séparation ont été considérablement améliorées, et des logiciels pour quantifier automatiquement les taches ou spots correspondant aux protéines ont été développés. Une des applications de l'analyse protéomique consiste à établir des profils protéiques sur gels bidimensionnel : associer à chaque spot d'un gel la protéine et l'annotation appropriée. Cette analyse s'avère rapidement considérable en nombre de données à analyser et à gérer. Ainsi, Spot Manager est un outil qui se propose d'accélérer ce processus et d'assurer ainsi plusieurs rôles :

Automatisation pour :

1. L’identification des spots
2. La récupération et la mise à jour de nombreuses informations pour les proteines identifiées.

Fédération des données :

1. Suivi de l’évolution au cours du temps de la cartographie d’un gel (introduction de la notion de « projet »);
2. Toutes les informations accessibles par une même interface;
3. Possibilités d'exporter vers une base de données.

Stage de fin d'études DESS encadré par Florence PINET pour l' unité INSERM 508 ( Institut Pasteur de Lille ).

Langage : JAVA
Environnement : JBuilder, MySql

(12/2004) Présentation DESS et Pasteur
(12/2004) Rapport de stage
(12/2004) Manuel utilisateur