Plate-forme WEB pour ASCQ-ME

Mise en place d'une version en ligne pour ASCQ-ME, un logiciel d'identification de proteines innovant.

L'équipe OPAC (Optimisation PArallèle Coopérative) du Laboratoire Informatique Fondamentale de Lille a développé une nouvelle methode pour identifier les empreintes pepditiques, une méthode sans extraction de liste de pics de masse : ASCQ-ME. En effet, ASCQ-ME permet de calculer les spectres simulés des proteines candidates et de les comparer directement aux données du spectre expérimental. ASCQ-ME se presente comme un outil complémentaire intéressant et innovant pour tout biologiste qui fait de l'identification de proteine.

Le but initial était de créer un site WEB pour présenter la méthode, proposer en téléchargement le logiciel, bref de promouvoir ASCQ-ME. Mais une autre constatation s'est rapidement imposée : l'interface d'ASCQ-ME se limite à une simple ligne de commande et à des resultats sous format texte. En effet, le coté intéractif indispensable pour plaire à de futurs utilisateurs devait donc être ajouté. L'idée d'un service WEB s'est imposée naturellement:

• promotion du logiciel
• plateforme qui peut se deployer sur un serveur distant ou sur un serveur local dédié à un laboratoire
• création d'une interface utilisateur graphique pour les entrés comme pour les sorties d'ASCQ-ME

L'architecture centrale de la plate-forme repose sur une architecture 3-Tier traditionnelle. Des fonctionnalités classiques ont été implementées:

• une application WEB largement configurable selon les besoins et les capacités du serveur,
• une gestion de compte utilisateurs,
• une interface graphique configurée par fichier XML ,
• une traçabilité des actions de l'applications,
• un systeme d'envoi de mail...

Néanmoins, l'architecture posséde d'autres aspects moins classiques. En effet, ASCQ-ME est gourmand à la fois en temps machine et en quantité de mémoire. De nombreuses solutions ont dû être adoptées pour pouvoir laisser à un administrateur le soin d'optimiser en fonction de son serveur le rapport temps de réponse/ utilisation memoire par job /nombre de jobs simultanés :

• un gestionnaire de file pour les taches à excécuter,
• limitation des taches simultanées,
• exécution des job sur un serveur dédié plutôt que sur le serveur d'application...

Ce souci de ne jamais mettre en défaut la partie serveur d'application a fait priviligier par conséquent le choix d' applets (application coté client) pour l'exploitation (la visualisation) des résultats du serveur.

La plate-forme WEB ASCQ-ME a fait l'objet d'un poster pour la 10éme conférence internationale Research in Computational Molecular Biology ( RECOMB 2006 ).

Lien : Plateforme WEB ASCQ-ME pour la Génopole de Lille

ASCQ-ME est le fruit d'une collaboration entre l'équipe d'informatique fondamentale OPAC et de l'équipe de Chimie Organique et Macromoléculaire de Lille (UMR CNRS 8009). Il fait parti de la thése de Jean-Charles BOISSON . Le Centre Intégré de Bio Informatique joue dans ce cas le rôle d'interface et apporte des outils pratiques et concrets qui exploitent l'informatique fondammentale pour des utilisateurs finaux, ici des biochimistes.
Travail en équipe : Julien SOULA (systèmes et réseaux), Fabien PAMELARD (apports biologiques, banques de données, mises en forme XML), le reste à ma charge (architecture générale, conception, implementation JAVA, modifications ASCQ-ME).

Langage : C, JAVA (JSP, Applets)
Environnements : Serveur Linux distant, Apache Tomcat, MySQL, Eclipse, GForge

(03/2006) Poster RECOMB 2006
(03/2006) Abstract RECOMB 2006
(01/2006) Fichier XML de configuration de l'application WEB
(01/2006) Presentation de l'architecture générale de la plate-forme WEB ASCQ-ME